マジック好きの高校生・黒羽快斗はある日、自室に隠し扉があることを発見する。それは、8年前にマジックの最中に 事故死した世界的マジシャンの父、黒羽盗一が仕掛けた最後のマジックだった。そこにあったのは世界的な大泥棒、 怪盗キッドの衣装。キッドは8年前から姿を消していたが、最近復活していた。快斗は衣装を纏い、キッドに会いに行く。 そこで出会ったのは父のかつての付き人、寺井。そこで快斗は父が怪盗キッドであり、事故死ではなく殺されたのだと 知らされる。快斗は父を殺した人物を探すべく、自ら怪盗キッドとなる。 怪盗キッドとして活動していたある日、快斗は自分を「黒羽盗一」と呼ぶ組織と遭遇し、彼らこそが父の仇だと確信する。 その組織が求めるのは不老不死が得られるという伝説のビッグジュエル・パンドラ。快斗はその野望を阻止すべく、組織 より先にパンドラを見つけ出して、破壊することを決意する。