校舎は東西に長いのが２棟、北側と南側に建っている。
神代高校は夏なんかは南から風が入ってくるので南校舎は涼しいが、
北校舎は風が南校舎にさえぎられ、蒸し風呂状態の中で数学を勉強する。
物理室
２年の文理選択で理系を選ぶと物理の授業で使うことになる。
一部床が傾いているので、実験データの誤差が激しい。
裏の顔としてはコンピュータサークルの活動の拠点でもあることなど。
図書室
放課後になると神高生が次々と集まってきて自習を始める。
しかし図書室の真上に音楽室。吹奏楽部は上手だ。
ちなみに司書室にはパソコンがある。
地学室
文系の生徒なら２年生で使うことになる。
地学室は神代高校でも数少ない「４階教室」であるが、
教室内部には「地学室の座標」なるものが貼ってある。
ＬＬ教室
主に英語の授業で使う。
卓上に取り付けられているリスニング用の装置だが、
３年生（選択）の英会話の授業で使う程度で、
それ以外ではあまり操作せず、教室自体を空き教室として使う。